다양하고 초인적인 능력을 가진 돌연변이들에게 그들이 가진 능력을 조절할 수 있도록 가르쳐 인류를 위해 그 힘을 사용하길 희망하는 ‘엑스맨’. 그리고 자신들을 몰아내려는 인간사회에 등을 돌리고 돌연변이가 미래를 지배할 것이라 믿는 ‘브러더후드’의 대립이 계속되는 가운데, <엑스맨: 최후의 전쟁>에서는 다양하고 흥미로운 능력을 가진 돌연변이 캐릭터들의 등장과 그들의 능력을 치유할 수 있는 ‘큐어’의 등장으로 세상의 모든 전쟁을 잠재울 최후의 전쟁으로 이어진다.

<엑스맨: 최후의 전쟁>에서 돌연변이들은 치료제 ‘큐어’의 등장으로 역사적 위험에 처하게 된다. 이제 초능력을 치유할 수 있는 선택권을 가지게 되는 대신 그로 인해 고립되며 소외된다. 만약 그것을 원치 않는다면 초능력을 포기한 평범한 인간이 되어야 하는 것.

한편, 알칼리 호수에서 사라져 죽은 줄로만 알았던 '진 그레이'가 회생하여 돌아오고 '사비에'는 그녀의 숨겨진 이중자아 '피닉스'의 부활을 예감, 위험을 경고한다. 모든 상황을 인내해야 한다고 주장하는 엑스맨의 리더 '사비에 교수’와 적자생존의 법칙을 신봉하는 ‘매그니토’의 대립된 의견이 시험대에 오르고, 이는 세상의 모든 전쟁을 잠재울 최후의 전쟁으로 이어진다.