{수명이 다 된 크립톤(Krypton) 행성의 한 과학자가 자신의 아들을 우주선에 지구로 보냈다. 소녀은 어느 친절한 농부 부부에 의해 성장해 지구를 지키는 위대한 수호자 수퍼맨이 되지만... 천문학자들이 고향 행성을 발견했단 소식을 듣자 수퍼맨은 사라지게 된다.}

"칼, 내 아들아. 인간의 손에서 컸지만 너는 그들과 다르다. 인간은 위대해지길 꿈꾸며 잠재력이 있다. 인도해 줄 빛이 있다면. 바로 그 선한 인간들을 위해 널 보낸다... 내 하나뿐인 아들을" - 조엘

오래 전 사라져버린 크립톤 행성에서 태어나 캔자스의 한 농장에서 성장한 수퍼맨(브랜든 루스). 소년 칼은 클라크 켄트라는 새 이름으로 평범하게 성장했지만 남다른 점이 있다. 보통 사람들이 상상 속에서나 해볼 수 있는 초능력의 소유자. 평소에는 얌전하고 눈에 띄지 않는 클라크 켄트로 일상을 보내다가 전 세계가 그를 필요로 할 때면 영웅으로 몰래 변신하는 이중 생활을 해야 하는 수퍼맨이다.

세계를 구원하던 그 수퍼맨이 갑작스레 자취를 감춘 지 5년이란 시간이 흘렀다. 그가 사라진 후 도시에서는 범죄가 기승을 부리고, 자신의 욕망을 충족시키기 위한 수단으로 수퍼맨의 비밀을 이용하려는 렉스 루터(케빈 스페이시)가 감옥에서 풀려난다.

한편, 데일리 플래닛 신문사의 간판 기자이자 수퍼맨의 연인인 로이스 레인(케이트 보스워스)은 수퍼맨이 말 없이 사라진 후 새로운 인생을 살고 있다. 심지어 '우리는 왜 더 이상 수퍼맨을 필요로 하지 않는가?'란 제목의 에세이로 퓰리처상까지 수상했다. 그리고 혼자 다섯 살의 아들을 키우다 편집장 조카와 약혼까지 한 상태. 그렇게 세상은 영웅을 잊어가고 있었다.

그 동안 자신의 정체성을 찾기 위해 방황하던 수퍼맨은 결국 자신의 유일한 가족, 양부모님이 있는 곳이자 사랑하는 로이스가 있는 곳, 완벽하지는 않지만 선한 사람들이 있는 지구가 자신이 진정 있어야 할 곳이라는 것을 깨닫고 지구로 돌아온다. 떠나간 사랑의 마음도 되찾아야 하고, 자신의 부재를 틈 타 기승을 부리던 악당들도 소탕해야 하는 수퍼맨. 수퍼맨이 돌아오자마자 렉스의 사악한 계획이 실행되려고 하는 지금, 인류는 그 어느 때보다 더 절실하게 수퍼맨을 필요로 하고 있다.