긴장을 늦추지 마라. 17,576개의 벽이 당신을 향해 조여온다!

푸른색 큐브 안으로 한 남자가 들어선다. 두려운 눈빛으로 자신이 서 있는 공간을 살피던 그는 벽마다 설치된 거대한 금속문을 발견한다. 그는 하나의 문을 연다. 문 너머 또 다른 큐브공간이 보인다. 이번엔 붉은 방이다.

잠시 머뭇거리던 그는 조심스럽게 그 방으로 내려선다. 가볍게…'휴우' 그가 한숨을 내쉬는 순간! 공기를 가르는 날카로운 금속성의 그물, 그의 몸은 수백 개로 산산조각이 난다. 그의 피부는 작은 큐브가 되어 부서져 내린다. 나가야 한다. 하지만 어떻게? 이제 6명이 남았다. 경찰 쿠엔틴, 여의사 할로웨이, 겁많은 소녀 리븐, 냉소적인 인물 워스, 탈옥 전문가 렌, 자폐증 환자 카잔.

왜 이곳에 오게 되었는지 아무도 모르지만 어쨌든 살기 위해선 탈출해야 한다. 먼저 탈옥의 달인인 렌이 자신만만하게 시도를 한다. 자신의 구두를 던져 이동할 큐브가 안전한지 확인한 후 새로운 큐브에 내려서는 렌. 그러나 벽에서 갑자기 튀어나온 큐브 센서는 그의 얼굴에 염산을 쏟아 붓는다. 얼굴이 녹아버린 그의 시체를 두고 일행은 공포에 질린다.

어떻게 나가야 하나? 암호가 풀린다. 비밀은 숫자! 절망한 그들 사이에서 갑자기 리븐이 소리친다. "숫자가 있어요" 큐브 입구마다 새겨진 일련 번호들. 응석을 부리며 겁에 떨던 그녀는 숨겨져 있던 숫자에 대한 천재적인 자질을 발휘, 큐브의 숨겨진 단서가 솟수임을 발견하곤 숫자들 사이의 법칙을 깨닫게 된다.

실날같은 희망을 갖게된 일행. 숫자를 확인하며 위험한 부비트랩을 간신히 피해 출구를 찾아 이동을 한다. 큐브, 살아서 움직인다. 그러나 힘겹게 이동해 온 일행이 마침내 도달한 곳은 처음 그들이 만났던 바로 그 큐브. 그들은 끝이 보이지 않는 절망 앞에서 좌절을 한다.

왜 한 바퀴를 돌아온 걸까? 그리고 일행은 깨닫는다. 그들이 이동하는 사이 들리던 기분 나쁜 기계음의 의미를. 그것은 큐브가 움직이는 소리였고 큐브는 스스로 자신의 배열을 이동시키는 살아 있는 존재였던 것.

17,576개의 거대한 큐브가 서서히 그 모습을 드러낸다. 또 하나의 공포... 더 이상의 탈출방법이 없어 보이는 위기의 순간, 누구도 상상하지 못했던 인물, 자폐증 증상으로 고비의 순간마다 일행을 위험에 빠뜨리기만 했던 카잔이 놀라운 계산능력으로 큐브 안에 감추어진 마지막 단서를 발견한다.

이제 서서히 탈출구에 접근할 수 있게 된 것인가? 그러나 큐브 미로의 통로가 열리기 직전, 가장 믿음직스러웠던 경찰 쿠엔틴이 자신의 본색을 드러내며 폭력을 휘두르고 일행을 위협하는데...