찰스 자비에와 에릭 랜셔가 각각 ‘프로페서 X’와 ‘매그니토’라는 이름을 얻기 전 1960년대 ‘냉전 시대’. 이상적인 환경에서 자라 유전자학을 공부하는 찰스는 자신에게 특별한 텔레파시 능력이 있음을 깨닫고 ‘돌연변이’의 존재에 대해 자각하기 시작한다. 그러던 중, 주변의 금속을 마음대로 제어할 수 있는 강력한 능력을 가진 에릭을 만나 절친한 친구가 된다. 반면, 인류를 지배하려는 집단 ‘헬파이어 클럽’의 수장 세바스찬 쇼우는 미국과 러시아 간의 핵전쟁을 도발해서 3차 세계대전을 일으키려 하고, 이들을 막기 위해 CIA에서는 찰스와 에릭에게 도움을 요청하게 된다. 의기투합한 두 사람은 세계 각지를 돌며 때론 ‘다르다’는 이유로, 혹은 안전하지 못하다고 차별 받는 돌연변이들을 규합하고 ‘헬파이어 클럽’에 대항하는 엑스맨 팀을 만들기 시작한다. 그 와중에 돌연변이와 인간이 평화롭게 공존할 수 있다고 믿는 찰스와 달리, 에릭은 전쟁 중에 일어난 비극적인 과거사로 인간에 대한 불신의 골이 깊어 이들의 우정은 서서히 흔들리게 된다. 인간과 돌연변이의 갈등은 점점 치솟기 시작하는 와중에 세계 3차 대전을 막기 위해서 엑스맨과 헬파이어 클럽 간의 인류의 운명을 건 거대한 전쟁이 시작된다!