런던 현지 생활에 적응한 마성의 곰 ‘패딩턴 브라운’. 어린 시절 자신을 구해 키워준 ‘루시’ 숙모의 생일 선물로, 세상에 단 하나뿐인 ‘런던 팝업북’을 선물하기 위해 이발소 보조부터 아쿠아리움 청소, 창문 닦기 등 각종 아르바이트를 시작한다.

도시인의 삶에 완벽하게 적응한 것처럼 보이지만 사실 여전히 어설픈 패딩턴. 이발소 아르바이트를 하던 중 손님의 뒷머리를 시원하게 밀어버리기도 하고, 나무 타기 전공을 살려 창문 닦기 아르바이트에 도전하지만 언제 또 위기를 초래할지 몰라 지켜보는 사람들도 아슬아슬하기만 하다.

언제나 이웃들에게 먼저 인사를 하며 친절함을 잊지 않는 패딩턴. 패딩턴으로 인해 주변 사람들은 모두 행복하다. 어느 날, 아르바이트를 마치고 돌아가던 패딩턴은 눈 앞에서 팝업 북 도둑을 목격하게 되고, 그를 쫓아가던 중 범인으로 누명을 쓰게 된다. 결국 억울하게 감옥에 갇히게 되는 패딩턴은 루시 숙모의 “착한 마음으로 대하면 상대도 착해진다”라는 말처럼 자신만의 친절함으로 수감 생활을 하게 되고 교도소 전체를 따뜻한 분위기로 변화 시킨다. 그리고 진짜 범인 피닉스를 찾기 위해 감옥을 나와 추격을 시작하게 되는데…