1914년 이집트의 어느 피라미드 발굴 현장. 한 노학자가 지구의 미래를 바꿔 놓을 대 비밀을 밝혀낸다. 바로 피라미드의 벽에 새겨진 '5개 원소'의 비밀. 그리고 300년 후인 2259년 뉴욕. 지구에 거대한 괴행성이 다가온다. 대통령을 비롯한 전 군대는 비상상태에 돌입하고, 핵 미사일의 공격을 받으면 받을수록 괴행성은 거대하게 확대되어 빠른 속도로 지구를 향해 돌진해올 뿐이다. 단순한 외계행성의 공격으로만 생각하는 사람들과 달리 피라미드의 성직자인 코넬리우스(이안 홀름)는 300년전 예언대로 악마가 다가온 것이라고 생각한다. 그리고, 그 예언처럼 우주인이 5개의 원소를 가지고 찾아와 지구를 구해 주기를 기다린다.

피라미드에 의하면 5000년마다 세상이 바뀌고 악마가 찾아오는데, 이때 물, 불, 바람, 흙을 상징하는 돌이 절대인간과 결합해 세상을 구한다는 것. 그러나, 만일 이 네 개의 요소가 악마와 결합하면 지구는 악마의 지배를 받게 된다. 예언처럼 미지의 제5원소를 제외한 네 개의 원소를 가진 것으로 알려진 몬도샤 행성인들이 4개의 돌을 가지고 지구를 찾는다. 하지만, 지구에 접근하기도 전에 만갈로라는 우주 해적에 의해 격추되고 만다. 남은 것은 오직 몬도샤인의 한쪽 팔. 과학자들은 이것으로 유전자를 재합성하여 인간을 만들어낸다. 재합성된 인간은 신비한 외모에 빨간 머리의 소녀 리루(밀라 요보비치). 리루는 갑작스런 환경의 변화에 당황해 실험실을 뚫고 경찰의 눈을 피해 달아나다 고층건물 아래로 떨어진다. 다행이 달리던 에어캡 속에 뛰어든 리루. 에어캡의 운전자는 전직 연방 요원 출신의 코벤 달라스(브루스 윌리스)다.