케이트와 험프리, 세 아이들(스팅키, 클로뎃, 런트)은 다 같이 보내는 첫 크리스마스를 앞두고 기쁜 마음에 들떠 있다. 아이들은 부모님이 잠시 자리를 비운 사이 숲에서 놀다가 갑작스레 닥친 곰의 등장에 서둘러 도망진다. 사태가 진정돼 다시 만나지만 런트는 자리로 다시 돌아오지 않는다. 런트를 찾기 위해 알파족의 영역까지 수색할 상황에 놓이는데, 알파족의 우두머리 윈스턴은 오메가 혼혈종을 잡종이라 무시하고 적으로 여긴다. 런트 납치 건을 빌미로 두 종족은 싸움을 시작하고 수적으로 열세인 윈스턴과 그의 무리는 최선을 다해 적진으로 돌격한다. 예상치 못한 지원군의 등장과 지혜로운 아기 늑대들까지 합심해 늑대들의 싸움은 윈스턴 무리에 유리하게 흘러간다.