[ Disc 1 ]
#1. MAN OF SCIENCE, MAN OF FAITH
잭, 로크, 케이트, 헐리 일행은 다이너마이트로 해치 입구를 폭파시킨다. 그러나 잭은 시간 내에 캠프의 사람들을 모두 대피 시킬 수 없다면서 해치를 포기 하자고 한다. 그러나로크는 해치를 조사해 봐야겠다며 캠프를 떠난다.

#2. ADRIFT
해치 안에 들어갔던 로크와 케이트는 누군가에게 생포 당하고…한편 마이클 일행은 정체모를 사람들에게 월트를 빼앗기고 뗏목의 파편을 타고 표류하는 신세가 된다.

#3. ORIENTATION
로크와 케이트는 뒤따라온 잭 덕분에 무사히 구출되고, 해치 안에서 생활하던 데스몬드를 만나게 된다. 그러나 이 와중에 데스몬드가 쏜 총 때문에 컴퓨터가 고장나게 된다.

#4. EVERYBODY HATES HUGO
해치의 식량을 책임지게 된 헐리는 찰리가 해치에 대해 아무리 물어도 잭의 요청대로 아무 말도 하지 않는다. 하지만 로크가 찰리에게 해체에 대해서 이야기해 주면서, 찰리의 원망을 사게 된다.

[ Disc 2 ]

#5. ..AND FOUND
선은 결혼반지가 없어진 걸 알고 캠프의 이곳 저곳 반지를 찾아 헤맨다. 한편 아나 루시아 일행은 소이어와 마이클, 진을 앞세워 그들이 있던 캠프를 찾아가기로 결정한다.

#6. ABANDONED
사이드와 낭만적인 한때를 보내던 쉐넌은 또 다시 물에 흠뻑 젖은 월트를 목격하지만 사이드는 믿어 주지 않는다. 쉐넌은 자신을 믿어 주지 않는 사이드에게 실망하고 혼자 월트를 찾아 정글 속으로 나서는데…

#7. THE OTHER 48 DAYS
비행기가 추락할 때, 꼬리 부분의 탑승자들 가운데 수많은 사람들이 목숨을 잃는다. 이 때 아나 루시아와 에코가 나서서 사람들을 돕는다. 그런데 한밤 중에 생존자 중 세 사람이 감쪽같이 사라지는 사건이 발생한다.

#8. COLLISION
아나 루시아는 신디가 정체를 알 수 없는 그들에게 납치 당한 뒤 극도로 긴장한다. 그러던 중 갑자기 나타난 쉐넌을 총으로 쏘고 만다. 그리고 그녀는 쉐넌을 뒤쫓아 오던 사이드 마저 나무에 묶어 버린다.

[ Disc 3 ]

#9. WHAT KATE DID
캠프에서는 쉐넌의 장례식이 열린다. 그러나 케이트는 잭에게 소이어를 간병하겠다고 말하고 소이어 옆을 지킨다. 한편 로크는 마이클과 에코에게 해치에 대한 필름을 보여 주는데….

#10. THE 23rd PSALM
에코는 클레어에게 찰리가 성모상을 가지고 있다는 말을 듣는다. 에코는 찰리에게 성모상을 발견했던 곳으로 자신을 안내하라고 말한다. 한편 컴퓨터에 번호를 입력하려던 마이클은 화면을 통해 월트와 대화를 나누게 되는데….

#11. THE HUNTING PARTY
잭과 로크는 마이클에 의해서 무기 창고에 갇히는 신세가 된다. 마이클은 이들을 가둔 뒤 아들 월트를 찾아 정글로 떠난다. 그러나 다행히 이들은 잭의 진찰을 받기 위해 해치에 왔던 소이어와 케이트에 의해 구출된다. 잭과 로크, 소이어는 무기를 가지고 마이클을 찾아 나서는데….

#12. FIRE + WATER
클레어는 찰리가 가지고 있던 성모상에 마약이 들어 있었다는 사실을 알게 된다. 그리고 찰리에게 그를 더 이상 믿을 수 없다며 자신과 애런 곁을 떠나달라고 말한다. 그 후 찰리는 이상한 꿈을 꾸고 마치 몽유병 환자처럼 이상한 행동을 보인다.

[ Disc 4 ]

#13. THE LONG CON
잭과 아나 루시아는 사람들에게 군대를 결성하자고 말하지만, 별다른 호응을 얻지 못한다. 로크와 잭은 만일을 사태를 위해서 모든 총을 무기 창고에 보관하고 둘만이 금고 번호를 공유한다. 한편 텃밭에서 혼자 일하던 선은 정체를 알 수 없는 누군가에게 납치당할 위험에 빠지게 되는데….

#14. ONE OF THEM
루소는 사이드를 찾아와 자신이 쳐놓은 덫에 걸린 한 남자를 넘겨준다. 그녀는 사이드에게 그가 바로 정체를 알 수 없는 그들 중 한 사람이라고 말하고 사라진다. 사이드는 그를 해치로 데려오고, 그의 정체를 알아내기 위해서 고문을 시작하는데…..

#15. MATERNITY LEAVE
클레어는 한밤중에 갑자기 열이 펄펄 끓는 애런 때문에 어쩔 줄을 모른다. 로크가 잭을 부르러 간 사이에 어디선가 나타난 루소는 클레어에게 애런이 감염된 것 같다고 말하고는 사라진다.

#16. THE WHOLE TRUTH
사고를 당하고도 또 텃밭에 나가 일하는 선에게 화가 난 진은 밭을 엉망으로 만들고, 화가 난 선은 해변으로 달려가다 갑작스러운 현기증를 느낀다. 한편 로크는 아나 루시아를 찾아가 헨리에 대해 이야기하는데…

[ Disc 5 ]

#17. LOCKDOWN
잭과 로크는 헨리가 아나 루시아에게 지도를 그려 줬다는 사실을 알고 깜짝 놀란다. 한편 사이드와 아나 루시아, 찰리는 헨리가 그려준 지도를 가지고 기구를 찾아 정글을 헤맨다.

#18. DAVE
리비와 많이 가까워진 헐리는 함께 운동도 하고 그동안 감춰 두고 줄곧 먹었던 식량에 대해서도 얘기한다. 그리고 자신이 식량을 숨겨둔 비밀 장소로 그녀를 안내하는데…

#19. S.O.S.
버나드는 사람들에게 비행기나 인공위성에서 볼 수 있도록 모래사장에 커다랗게 SOS를 써놓자고 제안한다. 그러나 사람들의 호응을 얻지 못하고 결국 혼자 남게 된다. 한편 정글로 자신들을 위협했던 정체를 알 수 없는 그들을 찾아 나섰던 잭과 케이트 앞에 갑자기 마이클이 나타난다.

#20. TWO FOR THE ROAD
헐리는 리비를 기쁘게 해주기 위해서 피크닉을 계획한다. 한편 잭과 로크는 마이클에게 정체를 알 수 없는 그들에 대해서 자세한 정보를 얻게 되는데….

[ Disc 6 ]

#21. ?
마이클은 아나 루시아를 죽이고 계획에 없이 나타난 리비까지 얼떨결에 쏘고 만다. 그리고 잭 일행이 해치에 도착할 무렵, 마이클이 뛰쳐나오며 헨리가 자기를 쏘고 달아났다고 말한다.

#22. THREE MINUTES
마이클이 아나 루시아와 리비를 죽이면서까지 헨리 게일을 풀어줘야 했던 사연이 공개된다. 마이클은 월트를 찾아 나서지만 곧바로 그들에게 생포된다.

#23. LIVE TOGETHER, DIE ALONE (SEASON FINALE PT1 OF 2)
잭은 마이클이 그들에게 넘어갔다는 사실을 알면서도 함께 월트를 찾아 나선다. 한편 로크는 에코에게 해치의 컴퓨터 버튼을 더 이상 누르지 말라고 말하지만 오히려 그에게 내쫓기고 만다.

#24. LIVE TOGETHER, DIE ALONE (SEASON FINALE PT2 OF 2)
에코는 찰리의 도움으로 다이너마이트를 찾아 문을 부수고 해치 안으로 들어가려고 하지만 실패한다. 한편 마이클은 친구들을 그들에게 넘겨준 댓가로 월트와 함께 배를 타고 섬을 떠나고, 잭, 케이트, 소이어는 그들에게 끌려 가는데….