1부.
"원로“공원에서 시인 이반과 출판업자 베를리오즈가 이반의 작품에 대해 토론을 하고 있다. 토론의 주제는 신의 존재에 관한 것이었고 지나가던 여행객 볼란도가 이들의 대화에 끼어든다. 시인과 출판업자의 강한 신의 존재에 대한 부정에 대해 볼란도는 자신이 예수와 본디오 빌라도의 재판을 목격한 사람이라고 말하며 경고한다. 신은 있다고, 그리고 그의 예언대로 베를리오즈는 목이 잘리는 죽음을 당한다. 한편 본디오 빌라도는 민심을 어지럽히는 예수의 처형에 앞서 재판을 하던 중 그의 인품에 호감을 느껴 처형을 망설이나 지역 제사장의 강력한 반발에 할 수 없이 십자가에 매달게 된다. 다시 현세의 볼란도는 극장을 빌려 흑마술 공연을 하게 되고 공연 후 도시는 온통 혼돈에 휩싸이게 된다.

2부.
볼란도의 흑마술 공연이 전 시민을 극도의 혼돈으로 몰아가면서 수사 당국이 개입을 하게 되고 시인 이반은 볼란도의 정체를 악마로 알고 그를 뒤쫓다가 오히려 정신병원에 수감이 된다. 그리고 그는 그곳에서 또한 오래전에 그곳에 수감되어 있던 거장을 만나게 된다. 거장 또한 본디오 빌라도에 관한 소설을 썼다가 관계 당국에 의해 이념상의 문제로 구속이 되었고 그 와중에 그의 사랑하던 여인과 헤어지게 되며 결국 정신 뱡원에 수감이 되어 있었던 것이다. 그는 이반 또한 신과 본디오 빌라도에 관한 글을 썻었다는 것을 알고 둘은 열띤 대화를 나눈다.

3부.
거장의 작품은 전 비평가들의 모진 혹평 속에 매장이 되어 버리고 그의 여인은 떠나간다. 예수는 처형이 되었으며 마태가 그의 시신을 수습하여 매장을 한다. 본디오 빌라도는 양심의 가책과 회의에 젖는다. 볼란도 일당은 계속 온도시를 혼란으로 몰아 넣는다.
거장에게서 떠났음을 후회하고 실의에 젖어 있는 거장의 여인 마르가리타에게 볼란도의 수행원이 찾아와 제안을 한다. 악마들의 무도회에 주인인 볼란도의 안주인이 되어 줄 것을... 마르가리타는 그에게서 거장의 생사를 확인하고 그를 찾기 위해 그 제안을 수락한다.

4부.
볼란도의 악마의 축제가 성대히 거행이 되고 역대의 모든 악인들이 다 초대되어 밤의 향연을 벌인다. 마르가리타는 이 연회의 안주인 역을 충실히 해 내어 볼란도의 강한 신임을 얻게 되고 마르가리타의 소원을 묻는다. 결국 마르가리타는 거장을 데려다 줄 것과 그들이 예전에 지냈던 삶으로 돌려 보내줄 것을 청하게 된다. 거장은 그녀의 소원대로 그녀 잎에 나타나고 그들은 예전의 삶으로 돌아가게 되지만...
한편 본디오 빌라도는 예수의 죽음에 대한 자책으로 측근 호위대장을 시켜 예수를 밀고 했었던 유다를 암살함으로써 조금이나마 마음의 빚을 덜고자한다.

5부.
마태가 예수의 시신을 수습했다는 소식을 들은 빌라도가 마태를 어여삐 여겨 그를 측근에 두고자 하나 마태가 이를 거절한다.
이즈음 모스크바에서 흑마술사 일당의 마법에 걸려 정신 병원에 보내지거나 미치광이 취급을 받던 사람들에 대한 관계 당국의 형식적인 수사가 진행이 된다. 이들은 민심의 소요를 잠재우기 위하여 이 과학적으로 증명될 수 없는 사건들의 나름대로의 논리로 조합하여 발표하여 민심을 수습코자 한다. 한편 흑마술사 볼란도에게 하나님의 사자 마태가 나타가 볼란도에게 요구한다. 거장을 쉬게 해 줄 것을.... 볼란도는 이 요구를 받아 들여 거장을 영원한 안식처로 보내준다. 결국 아주 오랜 세월 자신의 예수 처형 사실을 놓고 고뇌하던 본디오 빌라도는 영원한 안식을 찾아 떠난다.