서기 2천년대의 지구.메가로폴리스는 항성간을 운행할 수 있는 은하철도의 출발점이자 부유의 상징이며,
인류의 염원이기도 한 영원한 생명인 기계의 몸을 가진 부유층만이 향유하는 도시로,인류의 초근대 과학력이
만들어 낸 최첨단의 기계화 도시이다.때문에 기계몸을 가지지 못한 인간들은 이 풍요한 기계화 도시에서 돈을 벌어
영원한 생명을 얻기 위해 메가로폴리스 주변으로 몰려들고,결국 메가로폴리스 주변은 슬럼화된다.
철이(데츠로) 역시 영원한 삶에 대한 동경으로 엄마와 함께 안드로메다로 떠나기 위해 열심히 일하지만
기계 백작의 인간 사냥으로 엄마를 잃고 좌절하고 만다.기계 백작에 대한 복수를 다짐하는 철이는 결국
안드로메다로 떠나는 999호를 타기 위해 다른 사람의 승차권을 훔치지만 경찰에 체포될 위기에 빠진다.
그런 철이 앞에 나타난 신비의 여인 메텔.메텔은 철이에게 아무 조건없이 자신과 함께 안드로메다로 여행을 떠나면
999호의 승차권을 주겠다는 제의를 하고, 철이는 자신의 엄마를 닮은 메텔과 함께 안드로메다로 떠나는 기나긴 여행을 시작하게 되는데..

1부. 시간성의 해적

Disc.1
75화.물의 나라의 샤이안(상)(방영제목:물의 나라의 샤이안,상편)
76화.물의 나라의 샤이안(하)(방영제목:물의 나라의 샤이안,하편)
77화.생명을 먹는 성녀(상)(방영제목:생명을 불을 마시는 마녀,상편)
78화.생명을 먹는 성녀(하)(방영제목:생명을 불을 마시는 마녀,하편)

Disc.2
79화.시간성의 해적(상)(방영제목:시간성의 해적,상편)
80화.시간성의 해적(중)(방영제목:시간성의 해적,중편)
81화.시간성의 해적(하)(방영제목:시간성의 해적,하편)
82화.짧은 생명의 이야기(방영제목:짧은 생명 이야기)

Disc.3
83화.제 3 생명체(방영제목:제 3 생명)
84화.거대 코끼리의 별(방영제목:거대한 코끼리의 별)
85화.사랑의 환영 혹성(방영제목:사랑의 환상 혹성)
86화.불효자 별의 UFO(방영제목:불효자별의 UFO)

Disc.4
87화.바다에서 온 엘자(방영제목:바다에서 온 엘자)
88화.운명의 갈림길 별(방영제목:운명의 갈림길)
89화.총잡이의 슬픈 노래(방영제목:슬픔의 총잡이)
90화.안드로메다의 눈의 여왕(상)(방영제목:해저도시의 최후)

Disc.5
91화.안드로메다의 눈의 여왕(하)(눈의 여왕,상편)
92화.해저 도시의 최후(방영제목:눈의 여왕,하편)
93화.곤충의 별의 케이코(방영제목:야야볼의 작은 세상,상편)
94화.(방영제목:야야볼의 작은 세상,하편)

2부. 무한으로의 여행

Disc.6
94화.야야볼의 작은 세계(상)
95화.야야볼의 작은 세계(하)(피터팬 고양이,상편)
96화.플라잉 블랙(상)(방영제목:피터팬 고양이,하편)
97화.플라잉 블랙(하)(방영제목:곤충의 별)
98화.(방영제목:우주에 남은 한 권의 책)

Disc.7
98화.우주에 남은 한 권의 책
99화.4차원 엘리베이터(방영제목:4차원의 엘리베이터)
100화.게으른 공간의 요괴(방영제목:쓰레기별의 괴물)
101화.영원의 꿈을 쫓는 별(방영제목:영원한 꿈을 쫓는 별)
102화.(방영제목:벌들의 반란)

Disc.8
102화.여왕벌의 반란별
103화.안드로메다의 아라비안나이트(상)(방영제목:안드로메다의 아라비안나이트,상편)
104화.안드로메다의 아라비안나이트(하)(방영제목:안드로메다의 아라비안나이트,하편)
105화.젊은 용사의 전설(방영제목:젊은 전사의 전설)
106화.(방영제목:유령역 13호)

Disc.9
106화.유령역 13호
107화.킬리만자로의 기사(방영제목:킬리만자로의 조종사)
108화.마카로니그라탕의 붕괴(방영제목:마카로니그라탕의 붕괴)
109화.메텔의 여행(상)(방영제목:메텔의 여행,상편)
110화.(방영제목:메텔의 여행,하편)

Disc.10
110화.메텔의 여행(하)
111화.박쥐의 별(방영제목:박쥐의 별)
112화.청춘의 환상 안녕 999(상)(방영제목:안녕,은하철도 999,상편)
113화.청춘의 환상 안녕 999(하)(방영제목:안녕,은하철도 999,하편)
(스페셜 피쳐-"생각나는 장면들")

Disc.11 *특전영상 디스크 (추후에 발매되는 일반판에는 포함되지 않을 예정임)

-소년의 여행과 이별(총괄편)
-제1화 예고
-논텔롭 오프닝
-논텔롭 엔딩
-TV-CM
후지야 하트 초콜릿 15초
포피(현:반다이)
은하철도 999 스타 트레인시리즈 30초
은하철도 999 스타 트레인시리즈 15
은하철도 999 발사 스테이션 나스카 15초
은하철도 999 미래 스테이션 오메가 베스 30초 텔롭 없음
은하철도 999 미래 스테이션 오메가 베스 15초
은하철도 999 미래 스테이션 오메가 베스 15초 텔롭 없음
요미우리 랜드 리뉴얼 오픈 기념 TAKE OFF FESTA
은하철도 999·가고 싶다 편 15초
-3DCG ‘은하철도 999~ 유리의 클레어~’ Preshow


*한국어 성우진

1.철이 : 이미자

- 톰 소여의 모험/ 톰 소여 役
- 케로로 중사 / 우주 役
- 천공의 성 라퓨타 / 파즈 役
- 신비한 바다의 나디아 / 쟝 로크 라르티그 役
- 시간탐험대 / 리키 役
- 뽀롱뽀롱 뽀로로 / 크롱 役

2.메텔 : 송도영

- 사이버 포뮬러 시리즈 / 성유라 役
- 슬램덩크 / 채소연 役
- 요술공주 샐리 / 샐리 役
- 천년여왕 / 천년여왕 役
- 캔디 / 이라이자 役
- 나루토 / 츠나데 役

3.차장,닥터반 : 김기현

- 쿵푸 팬더 / 시푸 役
- 카우보이 비밥 / 제트 블랙 役
- 슬레이어즈 / 피리오넬 엘 디 세일룬 役
- 풀 메탈 패닉 / 안드레이 칼리닌 役
- 머털도사 / 왕질악 도사 役

4.에메랄다스,프로메슘 : 정희선

- 은하철도 999(1980년판) / 메텔 役
- 소공녀 세라 / 몰리 役
- 스타징가 / 오로라 공주 役
- 뽀빠이 / 올리브 役
- 캔디 / 프라니,수잔나

5.크레아 : 기경옥

- 빨강망토 차차 / 차차 役
- 프린세스 츄츄 / 우즈라,에델,나레이션 役
- 태양소년 에스테반 / 시아 役
- 대운동회 / 안나 레스피기
- 소공녀 세라 / 아멘가드,베키 役
- 눈의 여왕 / 눈의 여왕,마틸다 役

6.기계백작: 안지환

- 사이버 포뮬러 시리즈 / 블리드 카카(블리드 카일) 役
- 슬램덩크 / 윤대협,권준호 役
- 시간 탐험대 / 단단(오마르)왕자 役
- 구슬 동자 / 쿠로봉(블랙봉) 役
- 방가 방가 햄토리 / 메가네군(안경),톤가리군(딩가딩),사부 役
- 철인 28호 FX / 프랑켄 슈타이너 役

7.나레이션: 김용식

- 천년여왕 / 아마모리 박사(소장) 役
- 바람계곡의 나우시카 / 질 役
- 봉신연의 / 희창 役
- 스타징가 / 사오정 役
- 캔디 / 스테아 役

*일본어 성우진

1.철이(호시노 테츠로) : 노자와 마사코

- 꼬마자동차 붕붕/ 붕붕 役
- 드래곤볼 시리즈 / 손오공 役 외
- 방가방가 햄토리 / 호호 할머니 役
- 톰 소여의 모험 / 톰 소여 役
- 피구왕 통키 / 코보토케 친넨(맹태) 役

2.메텔 : 이케다 마사코

- 전투요정 유키카제 / 린 잭슨 役
- 스즈미야 하루히 우울
- 란마 1/2 / 사오토메 노도카 役

3.차장 : 키모츠키 카네타

- 날아라 호빵맨 / 해골맨 役
- 보물섬 / 벤 건 役
- 이누야사 세번째 극장판 / 칼집 役
- 캔디 / 스테아 役

4.에메랄다스 : 타지마 레이코

- 베르사이유의 장미 / 오스칼 役
- 퀸 에메랄다스 / 에메랄다스 役
- 내 청춘의 아르카디아 / 에메랄다스 役

5.크레아 : 이치류사이 하루미

- 전투요정 유키카제 / 리디아 크리 役
- 명탐정 홈즈 / 허드슨 부인 役
- 모래요정 바람돌이 / 앤 홉킨스(나래) 役
- 시티 헌터 / 노가미 사에코(나오미)
- 이상한 나라의 폴 / 파쿤(찌찌) 役

6.하록 선장 : 이노우에 마키오

- 하록 선장 / 하록 선장 役
- 캔디 / 알버트 役
- 에어리어88 / 찰리 役

7.프로메슘 : 키노미야 료코

- 마하 고고고 / 미후네 아야 役
- 베르사이유의 장미 / 듀바리 부인 役

8.기계 백작 : 시바타 히데카츠

- 강철의 연금술사 / 킹 브레드레이 役
- 그레이트 마징가 / 어둠의제왕(암흑대왕), 役
- 마징가 Z / 아수라 백작 役
- 카우보이 비밥-천국의 문 / 대령 役

9.나레이션: 타카기 히토시

- 이웃집 토토로 / 토토로 役
- 내 청춘의 아르카디아 / 트라이터 수상 役