다크 크리스탈을 지키는 잔인한 스켁시스 종족은 1,000년 만에 다시 세상을 파괴의 소용돌이에 몰아넣을 부활을 꿈꾼다. 한편 같은 시간에 평화적인 미스틱 종족 현자의 손에 자라는 젠은 스승의 마지막 유언으로 자신이 1000년 예언의 주인공임을 듣게 된다. 스켁시스 종족을 멸망시킬 종족으로 그들에 의해 학살된 종족의 최후의 생존자가 바로 젠 자신이라는 것. 젠은 그들의 세상을 구하기 위해 스켁시스 종족으로부터 다크 크리스탈을 찾아 손상된 조각을 치료해야 한다. 하지만 스켁시스는 젠을 죽이기 위해 암살자들을 파견하고... 이제 잔인하고 강력한 스켁시스 종족에 대항하는 젠의 험난하고 머나먼 여정이 시작된다.

짐 헨슨이 자신과 더불어 인형극의 장인으로 손꼽히는 프랭크 오즈와 공동으로 작업한 <다크 크리스탈>은 영국의 유명 일러스트레이터 브라이언 프라우드의 환상적인 회화를 기반으로 제작되었다. 악의 세력으로부터 살아남은 선한 종족의 마지막 후예가 세상을 구하기 위해 수정조각을 찾는다는 내용으로, 단순한 스토리라인을 지니고 있지만 정교하고 사실적인 판타지 세계를 보여주는 작품이다. 만화적인 연출을 배제한 진지한 분위기와 뛰어난 애니매트로닉스, 기술, 그리고 인형 복장을 입은 배우들의 활약으로 예술적 가치를 높이고 있다.