사이버트론 행성의 외계 생명체 ‘트랜스포머’, ‘트랜스포머’들은 인류보다 월등히 뛰어한 지능과 파워를 지닌 외계 생명체로 정의를 수호하는 ‘오토봇’ 군단과 악을 대변하는 ‘디셉티콘’군단으로 나뉘어져 있다. 오래전부터 궁극의 에너지원인 ‘큐브’를 차지하기위해 전쟁을 벌여온 두 군단은 행성의 폭발로 우주 어딘가로 사라져버린 ‘큐브’를 찾기 위해 전 우주를 찾아 헤메고 마침내 ‘큐브’가 지구에 있다는 사실을 알게 된다.
인류의 미래를 좌우할 에너지원인 ‘큐브’를 차지하기 위해 ‘오토봇’군단과 ‘디셉티콘’군단은 지구로 잠입하고 자신들의 정체를 숨기기위해 자동차, 헬기, 전투기 등 다양한 형태로 변신해 인류의 생활에 깊숙히 들어온다. 그리고 큐브의 위치를 찾기위한 결정적인 열쇠를 지닌 ‘샘’의 존재를 알게 된다.