행복하고 아름다운 웬디의 집. 그곳엔 상냥한 어머니와 듬직한 아버지, 귀여운 동생 존과 마이클, 그리고 온순한 개 나나가 살고 있다. 별이 밝게 빛나던 어느날 밤, 어머니와 아버지가 파티에 간 사이, 웬디의 집에는 너무나도 신비한 일이 벌어진다. 바로 꿈의 섬에서 고아들과 함께 살고 있다는 피터팬이 찾아온 것이다. 피터팬은 얼마 전 웬디의 방 창문을 기웃거리다가 나나에게 빼앗긴 그림자를 찾으러 온 것이었다. 남몰래 숨어들어 그림자를 찾아내려 했지만, 요리조리 도망치는 그림자를 잡으려다 오히려 웬디에게 들키고 만다. 어머니, 아버지가 파티에 간 사이 웬디 남매는 그림자를 찾으러 온 피터팬을 만나게 되는데….
이야기 속의 주인공인줄만 알았던 피터팬을 실제로 만난 웬디의 기쁨은 이만저만이 아니었다. 피터팬의 그림자를 꿰매어준 인연으로, 피터팬과 웬디, 존, 그리고 마이클 모두는 부푼 가슴을 안고 꿈의 섬을 향해 날아가게 된다.
한편, 꿈의 섬에서는 피터팬을 잡지 못해 안달이 난 후크 선장의 음모가 진행되고 있었다. 후크 선장의 계획은 인디언 추장 딸을 납치하고 그들을 협박해서 피터팬과 고아들의 보금자리를 알아내는 것. 그러나 때맞춰 나타난 피터팬은 후크 선장과 그의 해적들을 신나게 골탕 먹이고는 추장의 딸 타이거 릴리를 구출해서 달아난다. 마침내 웬디 남매는 피터팬과 함께 꿈의 섬 네버랜드로 날아간다. 한편 섬에서는 후크 선장이 피터팬을 잡기 위한 음모를 계획하고 있었는데…
인디언 추장은 몹시 기뻐하며 피터팬과 고아들을 위해 한바탕 신나는 잔치를 벌인다. 그러던 중 팅커벨을 납치해 피터팬의 근거지를 알아낸 후크 선장과 해적들은 고아들 뿐 아니라, 웬디와 두 동생까지 모두 잡아 가는데….