인터넷 네트워크를 통해 최고의 가상 현실을 창조한 천재박사 케빈 플린. 그러나 가상 세계의 슈퍼 컴퓨터는 그와 그의 프로그램인 '트론'을 모두 가상 세계에 가둬버린다. 케빈 플린이 실종된 후, 그의 아들 샘 플린은 아버지의 회사를 주주들에 의해 빼앗겨버린 채 방황하며 살아간다.

어느 날, 샘은 아버지의 아케이드 숍에서 신비한 힘에 의해 디지털 세상 들어가게 되고 그곳에 도착해서야 아버지의 말이 모두 사실이었음을 알게 된다. 이제 가상 세계에 감금된 아버지를 찾아 생사를 초월한 여행을 시작하게 되는 샘 플린. 그리고 그곳엔 현실 세계를 뒤죽박죽으로 만들 엄청난 음모가 있음을 알게 되는데...