12세의 어린 나이에 국가 연금술사의 칭호를 얻은 천재적인 연금술사 에드워드 엘릭은 어머니를 되살리기 위해 금단의 연금술에 도전한다. 그러나 그 결과는 너무도 참혹해서 자신은 물론 동생에게까지 끔찍한 피해를 남긴다. 죽은 어머니를 살리기 위해 금단의 연성술을 시도하다가 그만 자신의 왼쪽 발을 잃은 에드워드. 그러나 동생 알폰스는 육신 자체를 잃는 더 큰 피해를 입는다. 이에 에드워드는 다시 자신의 오른쪽 팔을 희생하여 알폰스의 혼을 간신히 갑옷에 담아두는데 성공한다.

어린 나이에 군부 소속의 국가 연금술사가 될 정도로 많은 재능을 가졌지만, 신체의 일부를 강철의 의수와 의족으로 바꾼 에드워드는 ‘현자의 돌’을 찾아 동생의 몸을 원래대로 되돌려줘야 한다는 마음을 큰 부담을 안고 있다. 아직 혈기왕성한 10대 소년이지만 에드워드는 자신의 힘과 재능, 그리고 사명감에 여행을 통해 조금씩 성장해 가는데...