1회 :
한국 최고의 신경외과 전문의 진혁(송승헌)은 뜻하지 않은 사고로 사경을 헤매는 연인 미나(박민영)로 인해 괴로워하던 밤, 병원 옥상에서 정체불명의 환자와 마주친다."돌아가야 한다"는 말만 되풀이 하던 환자는 급기야 난간으로 몸을 던지려 하고, 이를 만류하던 진혁의 눈앞에 강렬한 빛이 번뜩인다. 그대로 정신을 잃는 진혁. 정신을 차린 진혁. 자신에게 벌어진 일을 도무지 이해할 수 없어 당황하던 찰나, 때마침 무명계원들과 포졸들의 혈투를 목격하게 되고, 이를 지켜보던 진혁은 영문도 모른 채 '군관 살해범'이라는 죄목으로 수배되기에 이른다

2회
수배자가 된 진혁(송승헌)은 골목을 배회하다 불의의 습격을 받은 홍영휘(진이한)를 목격하고, 치료차 방문한 그의 집에서 부디 오라비를 살려달라며 애원하는 미나와 똑 닮은 여인 홍영래(박민영)를 만나게 된다. 결국 진혁은 그 시대에 결코 시행할 수 없는 신기에 가까운 치료를 감행한다. 한편, 좌의정 김병희(김응수)는 갑자기 의식을 잃고 쓰러지고, 김병희의 서출 김경탁(김재중)은 모두의 만류를 뿌리치고 위기에 빠진 진혁을 찾아가게 된다.

3회
영휘(진이한)의 목숨을 구한 인연으로 영래(박민영)의 집에 머물게 된 진혁(송승헌)은 영래와 함께 죽어가는 토막민을 구해내며 의사로서 새로운 결심을 다지게 된다. 한편, 구토 증세를 보이는 환자들이 하나 둘 늘어가고, 도성 밖에서부터 급속도로 번져오는 괴질의 위협으로 백성들은 불안에 떨게 된다.

4회
어의 유홍필(김일우)은 진혁(송승헌)에게 활인서로 가서 백성들을 치료할 것을 명하고, 진혁은 모두의 만류에도 불구하고 역병이 기승을 부리는 도성 밖으로 향한다. 아비규환 상태의 활인서에서 의욕적으로 진료를 시작하는 진혁. 하지만 악화되는 환자들의 상태를 보며 더 이상 자신이 손 쓸 수 없는 상황임을 느낀다. 영래(박민영)는 좌절하는 진혁을 격려하고 자신도 진료를 돕겠다고 자청한다.

5회
환자들을 치료하던 도중 갑작스럽게 괴질 증상을 호소하는 진혁(송승헌). 놀란 영래(박민영)와 하응(이범수)은 진혁을 극진히 간호하지만 사경을 헤매는 진혁은 깨어날 줄을 모른다.
한편, 이하응으로부터 토막촌 상황을 알게 된 어의 유홍필(김일우)은 김병희(김응수)를 부추겨 진혁을 곤경에 빠뜨릴 음모를 꾸민다.

6회
기방에서 매독에 걸린 기생 계향을 본 진혁(송승헌)은 처참한 모습에 충격을 받고 치료약을 개발하려 하지만, 자신의 행동으로 훗날의 역사가 송두리째 뒤바뀔지 모른다는 두려움에 연구를 망설인다. 한편, 이하응(이범수)은 계향을 사지로 몬 주범을 찾기 위해 혈안이 되고
그 과정에서 새로운 진실을 하나 둘 알게 된다.

7회
역사 때문에 죽어가는 환자를 두고 볼 수밖에 없는 현실이 괴로운 진혁(송승헌)은 마침내 마음을 바꿔 페니실린 연구를 재개하지만, 계향을 둘러싼 진실이 밝혀질까 두려운 양반세력은 기어이 그녀를 찾아내 극심한 문초를 가한다. 경탁(김재중)은 아버지 김병희(김응수)에게 자신의 정혼자인 영래 (박민영)와의 혼인을 서두르고 싶다는 뜻을 전한다.

8회
진혁(송승헌)은 경탁(김재중)과 영래(박민영)의 갑작스러운 혼사 소식에 이유모를 답답함을 느낀다. 혼사 준비는 차근차근 진행되지만, 마침내 사랑하는 여인을 얻게 됐다는 생각에 기쁜 경탁과 달리 진혁을 바라보는 영래의 마음은 편치가 않다. 한편, 진혁은 이하응(이범수)의 소개로 새로운 환자 조씨 부인을 만나게 되고, 그녀의 치료를 진행하던 어느 날, 활인서에 발생한 뜻밖의 사고로 인해 중대한 선택의 기로에 서게 된다.

9회
진혁(송승헌)은 영래(박민영)에게 주위사람들에게 피해를 주지 않으려면 미래로 돌아가야 한다고 이야기한다. 혼란스러운 영래는 경탁(김재중)을 만나 혼사를 치를 수 없음을 이야기하며 눈물 흘리고 이에 분노한 경탁은 칼을 뽑아든다. 한편, 이하응(이범수)으로부터 대비마마 알현을 부탁받은 진혁은 의원으로서의 일만 충실하고 싶다며 거절하고, 그러던 중, 진혁은 모함을 당해 경탁에 의해 포도청에 끌려간다.

10회
각기병으로 쓰러진 영래모(김혜옥)를 위해 미나(박민영)와 함께 만든적이 있는 도넛을 만들어보는 진혁(송승헌). 하응(이범수)은 조대비의 연회 준비에 한창이고 영휘(진이한)는 경탁(김재중)을 찾아가 미안하다는 말을 남긴다. 맛도 좋고 몸에도 좋다고 소문난 도넛은 조대비 연회에 진상품으로 올라가게 되지만 도넛을 먹은 조대비가 목을 감싸며 쓰러진다.

11회
조대비(정혜선)를 독살하려 하고 반역을 꾀했다는 죄명으로 진혁(송승헌), 하응(김범수), 영래(박민영)는 교수형에 처해지게 된다. 영휘(진이한)는 경탁(김재중)을 찾아가 영래를 살려달라 부탁을 하지만 경탁은 애써 외면한다. 한편, 춘홍(이소연)은 세 사람의 운명에 대해 양날의 검인 그자에게 달렸다는 묘한 점괘를 내놓는다

12회
전주에 민란이 일어나자 경탁(김재중)에게 토포군을 맡겨 난리를 수습하라 명하는 병희(김응수). 깨어난 조대비(정혜선)는 하응(이범수)에게 도성으로 돌아오라 명을 내리고 이에 도성으로 향하던 진혁 (송승헌)과 하응은 영래(박민영) 일행을 만나고, 영래는 우여곡절 끝에
영휘(진이한)를 만나게 된다.

13회
진혁(송승헌)은 신임 내의원으로서 철종을 만나게 되고, 하응(이범수)은 명복을 조대비(정혜선)의 양자로 천거한다. 한편, 영휘(진이한)의 정체를 알게 된 병희(김응수)는 경탁(김재중)에게 그 일가를 잡아다 양반신분을 박탈하고 관노비로 박아버리라 명한다. 이에 경탁은 병희에게 마지막 청을 올린다.

14회
철종의 수술을 허락받고자 병희(김응수)를 찾아간 진혁(송승헌). 병희는 실패할 경우 능지처참을 면치 못할거라 경고한다. 한편, 경탁(김재중)과의 혼사를 준비하던 영래(박민영)는 갑자기 가슴에 통증을 느끼고, 경탁은 진혁에게 영래의 검사를 부탁한다.

15회
영래(박민영)가 갈 만한 곳을 샅샅이 수색하는 진혁(송승헌)과 경탁(김재중). 자신의 정체성에 혼란을 느낀 영래는 더더욱 몸 상태가 나빠진다.
한편, 하응(이범수)은 종친이 모여 있는 자리에서 중대한 발표를 한다

16회
가슴에 총을 맞은 하응(이범수)은 정신을 차리려 애쓰지만 진혁(송승헌)에게 명복을 부탁하며 정신을 잃는다. 진혁은 긴급 수술에 들어간다.
한편, 경탁(김재중)은 어린 시절을 보낸 옛집을 찾아 회상에 젖는다.

17회
머리를 잡고 고통스러워 하던 진혁(송승헌)은 정신을 잃고 쓰러진다. 춘홍(이소연)은 진혁에게 머지않아 돌아갈 때가 되었다고 이야기한다. 한편, 병희(김응수)는 고종의 즉위식을 앞두고 경탁(김재중)에게 대비전에 있는 옥새를 훔치라 지시한다

18회
조씨부인의 제왕절개 수술을 마취없이 진행하는 진혁(송승헌)과 영래(박민영). 하응(이범수)은 수술하는 틈을 타 이교리(김명국)에게 중요한 이야기를 꺼낸다. 한편, 하응의 빈청에 몰래 잠입한 경탁(김재중)은 진혁이 하응에게 건네준 봉투를 찾기 위해 서궤를 뒤진다.

19회
흥선대원군(이범수)의 천주교 박해가 본격적으로 시작되고, 이에 위험에 처한 영래(박민영)와 리델 신부(파비앙). 진혁(송승헌)은 두 사람을 도성 밖으로 빼낼 방도를 마련하고자 노력한다. 한편, 경탁(김재중)은 리델이 갖고 있는 흥선대원군의 서찰을 빼앗는다

20회
모든 정치에서 손을 떼고 물러나기로 한 하응(이범수). 진혁(송승헌)은 만취한 하응에게 어린 주상을 위해 할 수 있는 일을 찾아보라 조언한다. 한편, 영래(박민영)를 구하기 위해 경탁(김재중)을 찾아간 진혁은 자신의 비밀을 고백하고 흥선군을 지켜달라 부탁한다.

21회
진혁(송승헌)과 흥선대원군(이범수)의 노력에도 불구하고 병인양요는 시작된다. 춘홍(이소연)의 마지막 말에 충격을 받은 진혁은 뭔가 결심한 듯 절벽 끝에 선다. 한편, 고종(이형석)을 죽이라는 병희(김응수)의 지시에 경탁(김재중)은 종의 가마를 납치하려 한다

22회
프랑스 군의 공격에 조선 군은 속수무책으로 당한다. 강화도는 프랑스 군에게 점령당할 위기에 놓이고, 하응(이범수)은 자신이 직접 원병을 이끌고 강화도로 가서 프랑스 군을 몰아내겠다고 한다.