공각기동대 : The Laughing Man
외무대신 일행이 인질로 잡히는 사건이 발생한다. 현장에 출동한 공안 9과의 쿠사나기 모토코 일행은 잡혀 있던 외교관을 무사히 구출해내는데 성공한다. 하지만 9과의 과장인 아라마키는 무언가 석연찮은 느낌에 수사를 계속하도록 지시한다. 문제의 그 외교관은 술을 마시면 시중들던 기생과 의체를 바꿔치며 노는 다소 변태적인 성향이 있는 남자였다. 현장의 CCTV에는 사건이 일어난 그날도 그 외교관이 기생과 의체를 바꾸기 위해 화장실로 갔고,얼마 후 외교관의 비서가 화장실에서 무엇인가를 보고 놀라서 뒷걸음치다 살해된 장면이 그대로 찍혀 있었다.이를 통해 공안 9과는 이 사건이 단순한 인질이 아니라,군의 기밀 정보를 포함한 중요 문서를 둘러싼 음모라는 것을 조금씩 밝혀내기 시작하는데...

공각기동대 : Individual Eleven
해체되었던 공안 9과는 '개별11인'이라 자칭하는 테러리스트 집단의 처리를 위해 다시 돌아 온다.
대외적으로 난민 해방을 외치며 기업 테러를 자행하는 이 테러 집단은 사실, 내각 정보청의 '고다'가 살포한 바이러스에 의해 조종당하는 의체 집단이다. 고다의 최종 목표는 난민을 해방하는 것이 아니라 일본내에서 영원히 추방하는 것이었고, '개별 11인'이라는 테러집단을 통해 점차 이 계획을 실행해나간다. 마침내 핵미사일을 이용해 난민촌 '데지마'를 폭파하려는 계획을 세우고, 그의 계획을 눈치 챈 공안 9과는 이를 저지하기 위해 움직이는데...

공각기동대 : Solid State Society
서기 2034년,예의 난민봉기 사건으로부터 2년이 경과했다. 신입대원 20명을 받아들여 전력을 보강한 신생 공안 9과는 새로운 사건에 말려든다. 문신을 새긴 13명의 테러리스트들이 벌이는 연속 자살사건에,공항에서 벌어지는 인질극까지... 공안 9과에 의해 궁지에 몰린 인질범은 "꼭두각시 인형사(괴뢰회,쿠구츠마와시)가 온다!"는 말을 남기고 스스로 목숨을 끊어 버린다. 그리고 때를 맞춰 복잡한 사건들이 몇 건이나 동시다발적으로 일어난다. 사건들의 배후에 도사리고 있는 초위저드급 해커 "꼭두각시 인형사".신생 공안 9과에게 던져지는 사건들은 모두 예술적이라 할 정도로 교묘하게 얽혀들어 간다.꼭두각시 인형사한 누구인가? 꼭두각시 인형사와 쿠사나기 소령의 관계는? 모든 사건의 범인은? 사건은 꼬리에 꼬리를 물고 미궁 속으로 빠져들어가는데...