태초의 어둠이 덮친 세계, 새로운 전쟁이 시작된다!

<어벤져스>의 뉴욕 사건 후, 다시 신들의 고향인 아스가르드 왕국으로 돌아간 토르와 로키. 지구를 위협한 로키는 지하 감옥에 갇히고, 토르는 아버지 오딘과 함께 우주의 질서를 재정립하기 위해 나선다.

1년 후, 지구에 혼자 남은 제인은 우연히 태초부터 존재해왔던 어둠의 종족 ‘다크 엘프’의 무기 ‘에테르’를 얻게 된다. 이 사실을 안 ‘다크 엘프’의 리더 ‘말레키스’는 ‘에테르’를 되찾기 위해 제인과 아스가르드를 공격하고, 토르는 사랑하는 여인 제인과 아스가르드 왕국을 지키기 위해 로키에게 위험한 동맹을 제안하게 되는데...