토마스(딜런 오브라이언)를 비롯한 러너들과 브렌다는 민호(이기홍)를 구출하기 위해 위키드의 본부가 있는 ‘최후의 도시’로 향한다. 도시를 둘러싼 거대한 장벽 바깥에서 군중들의 시위를 지켜보던 일행은 잰슨의 공격에서 가까스로 빠져나온 뒤, 갤리의 주선으로 위키드에 맞서는 반란군의 수장 로렌스를 만나게 된다. 치료제가 절실한 로렌스의 도움을 받아 도시에 진입한 토마스 일행은 트리사를 이용하여 위키드의 빌딩으로 들어가기로 한다. 한편 트리사는 민호의 피로 만든 혈청 테스트에 실패한 직후, 거리에서 우연히 토마스와 재회한다. 그때 갤리가 트리사를 납치하여 토마스에게 이식된 위키드 센서를 제거하도록 한다. 곧 위키드 군대로 변장한 토마스 일행은 트리사와 함께 빌딩에 잠입하지만 잰슨에게 발각되고 만다. 그런 가운데 트리사는 치료제의 해답은 오직 토마스에게 있음을 알게 되는데…