미국 정부의 일급 기밀 파일을 해킹하려는 사건이 발생하고, 레온, 제이슨 등 4명의 요원들은 사건을 조사하기 위해 백악관에 초청된다. 하지만 갑작스러운 정전과 함께 좀비 무리의 공격을 받게 되고, 레온과 제이슨은 가까스로 대통령을 대피시킨다. 상하이 바이오 연구 시설과 이 사건이 관련 있다는 것이 포착되자 미 국방부 장관 윌슨은 중국이 배후에 있다는 의심을 하게 되고, 레온, 제이슨, 셴메이는 백악관 해킹 및 바이러스 테러 공격 관련 증거를 확보하는 임무를 맡게 된다. 그러나 비밀리에 상하이로 가는 도중 잠수정의 미군 및 승무원들이 모두 몰살당하고 레온도 쥐를 닮은 생물 무기 떼의 공격을 받게 된다. 한편, 6년 전 내전 및 미군의 개입으로 폐허가 된 페남스탄 공화국에 머물며 난민을 지원하고 있던 NGO 소속 클레어는 내전을 겪은 한 소년이 그린 이상한 그림을 보게 된다. 페남스탄 내전 중 좀비 사건이 있었음을 직감한 클레어는 사건을 조사하기 시작하고 무시무시한 음모가 드러나게 되는데…