토마스와 비는 행복한 결혼식을 올리고 피터 래빗은 세 쌍둥이 여동생과 사촌 벤자민과 함께 시골 마을 원더미어에서 평화롭게 살고 있다. 어느 날, 피터를 주인공으로 한 그림책을 출판한 비에게 대형 출판사에서 후속작 출판을 제안한다. 출판사 대표 ‘나이젤’ 의 제안에 솔깃해진 비는 그의 아이디어 대로 이야기를 쓰고 그림을 그리기 시작한다. 한편 토마스는 애지중지하는 토마토 밭에서 토마토를 훔치고 망가뜨린 범인이 피터라고 오해하게 되고 사고만 치는 “악동 토끼”로 낙인찍혀 버린 피터는 마음이 상해 엇나가고 만다. 런던 거리를 배회하다 아빠의 옛 친구 ‘바나바스’ 와 그 일당들을 만난 피터는 자신을 있는 그대로 인정해주는 그에게 호감을 느끼게 되고, 그들와 함께 인간들을 놀려먹고 인간들의 식료품을 훔치는 재미에 빠져들게 된다. 나이젤에게 현혹되어 자기 색깔을 점점 잃어가는 비가 걱정된 토마스는 나이젤을 경계하게 되고 그 일로 비와 토마스는 티격태격하게 된다. 바나바스 일당은 평생 먹을 걱정 안하고 살 방법이 있다며 도시에서 크게 열리는 농산물 장터에서 식료품을 몽땅 훔치자는 위험한 계획을 세우고 피터를 꼬드기는데…