콜롬비아의 깊은 숲 속 엔칸토 마을에 사는 마드리갈 패밀리, 평범한 가족처럼 보이지만 그들은 특별한 마법의 힘을 갖고 있다. 산 하나를 거뜬히 옮기는 초인적인 힘부터 가는 곳마다 꽃을 피우는 능력, 기분에 따라 변하는 날씨, 변신술, 동물과의 교감능력까지. 과거 사연으로 인해 특별한 능력과 삶의 터전을 얻은 마드리갈 패밀리는 본인들이 가진 힘으로 마을을 도우며 살고 있다.

하지만 주인공인 미라벨은 가족들 중 유일하게 능력을 얻지 못한 평범한 사람이다. 혼자만 능력이 없다는 사실에 속상하기도 하지만 마드리갈 패밀리로서의 역할을 충실히 수행하며 씩씩하게 살아가던 미라벨. 그런데 어느 날 집에 균열이 생기고, 신비한 힘이 깃든 영원의 촛불이 흐릿해지는 것을 목격한다.

점점 능력을 잃어가는 가족들과 무너져가는 집을 바라보며 미라벨은 가족을 지키기 위한 노력을 시작한다.