어느날 밤, 강아지 가게에 개도둑이 침입한다. 개도둑들은 닥치는 대로 강아지들을 트럭에 싣고 도주한다. 이중에 섞여있던 영화의 주인공 버나드종 강아지는 다른 영리한 강아지의 도움을 받아 탈출에 성공하게 된다. 추위와 습기에 떨며 쓰레기통에서 하룻밤을 지낸 어린 강아지는 길거리를 방황하다가, 우연히 신문을 가지러 나온 죠지(George Newton: 찰스 그로딘 분)를 따라 뉴튼 집안에 몰래 들어간다.

이 집 주인인 죠지는 개 혐오주의자로 절대 강아지를 키울 수 없다고 반대하지만, 죠지의 세 아이들(Ryce: 니콜 톰 분 / Ted: 크리스토퍼 캐스틸 분 / Emily: 사라 로즈 카 분)은 강아지를 키우겠다고 막무가내이다. 뉴튼 집안의 세 아이들과 엄마(Alice Newton: 보니 헌트 분)는 지극 정성으로 베토벤을 돌보아주면서 피아노 소리에 맞춰 짖는 이 강아지의 이름을 '베토벤'이라 붙여준다. 죠지는 베토벤 때문에 집안이 지저분해지고, 모든 관심이 베토벤에게 집중되자 질투를 느끼며 베토벤을 싫어한다.

베토벤도 죠지의 마음을 아는지 매번 그를 골탕먹인다. 그러나 베토벤은 이들의 사랑을 받으면서 85kg이 넘는 송아지만한 개로 자라게 된다. 반면, 개도둑들의 배후 조종자인 이 동네의 악덕 수의사 바닉(Doctor Varnick: 딘존스 분)은 불법 동물실험에 베토벤을 쓰기로 계략을 꾸민다. 수의사에게 잡혀간 베토벤과 실험 대상으로 잡혀온 다른 강아지들은 뉴튼 집안 식구들의 용기와 기지로 모두 풀려나 동물을 학대하는 악당들을 멋지게 해치우게 된다.