소피의 선택은 윌리엄 스타이언의 베스트셀러를 원작으로 한, 한 젊은 작가의 홀로코스트 생존자를 향한 사랑을 담은 비극적 이야기이다. 폴란드의 카톨릭 신자 소피(메릴 스트립)는 나치의 수용소에서 자신이 해야 했던 ‘선택’의 그림자에서 벗어나지 못한다. 이제 미국에 자리를 잡은 그녀는 다소 불안정하지만 빛나는 유태계 미국인 네이선(케빈 클라인)을 만나고, 둘은 곧 이제 막 뉴욕으로 온 젊은 작가 스팅고(피터 맥니콜)와 친구가 된다. 스팅고는 곧 소피와 네이선의 행복이 그녀의 과거의 유령과 그의 집착 때문에 흔들리고, 곧 둘의 관계를 파괴에 이르게 하는 것을 목격하게 되는데…