인체 전송을 연구하던 중 파리인간으로 변해 비극적인 죽음을 맞았던 세스 브런들 박사의 아들이 최첨단 연구소에서 파리의 유충 같은 번데기에 싸여 탄생한다. 출산 직후 산모는 사망하고, 아기 마틴은 바톡의 연구실에서 키워진다. 몸 속의 돌연변이 유전자의 영향으로 마틴(에릭 스톨츠 분)은 매우 빠르게 성장하여 다섯 살 때 이미 성인의 모습이 되고, 상상을 초월할 정도로 뛰어난 두뇌를 갖게 된다. 이에 바톡은 마틴이 다섯 살이 되는 날 인체 전송연구 책임자로 임명한다. 마틴은 아버지가 아무에게도 알려주지 않은 인체 전송 프로그램의 운용법을 연구하기 시작하는 한편 회사의 여직원 베스(다프네 쥬니가 분)와 사랑에 빠진다. 그리고 마침내 유기체의 완벽한 전송에 성공한 마틴은 자기만이 그 프로그램 파일을 열 수 있도록 패스워드를 심어놓고, 다른 사람이 틀린 패스워드를 넣을 경우 프로그램이 모두 파괴되도록 부비 트랩까지 설치한다. 그러던 어느 날, 마틴의 몸에서 잠복기를 거친 파리 유전자가 서서히 활동을 시작하는데…